Pantoprazol sitokrom P450 enzim sistemi ile metabolize olmasına karşın aynı enzim sistemi üzerinden metabolize edilen, Karbamazepin, Kafein, Diazepam, Diklofenak, Digoksin, Etanol, Midazolam, Sisaprid, Antipirin, Gliburid, Glibenklamid, Metoprolol, Nifedipin, Fenprokumon, Fenitoin, Teofilin, Varfarin veya oral kontraseptiflerle kullanıldığında doz ayarlaması gerekmez. 

İlgili antibiyotiklerle de (Klaritromisin, Metronidazol, Amoksisilin) klinik olarak kayda değer bir etkileşim gözlenmemiştir. 

Pantoprazole antasitlerle birlikte verildiğinde herhangi bir etkileşim gözlenmemiştir. 

Pantoprazole gastrik asit salgılanmasını uzun süre inhibe ettiğinden dolayı, ketokanazol, ampisilin esterleri ve demir tuzları gibi biyoyararlanımı gastrik pH’a bağlı ilaçların emilimini azaltabilir.