Altta yatan ciddi bir hastalığın varlığı ve başka ilaçların kullanımı nedeniyle, immünosupresif ilaç kullanımı sırasında yan etkilerin saptanması güçtür. Aşağıda bildirilen sistemlere ve sıklıklara göre belirtilmiştir.Kardiyovasküler sistem:Sık: HipertansiyonSeyrek: Angina pectoris, taşikardi, effüzyon (perikardiyal veya plevral)Nadir: Hipotansiyon, EKG anormalikleri, (atrial/ventriküler fibrilasyon ve kardiyak arrest dahil) aritmiler, tromboflebit, hemoraji kalp yetmezliği, kardiyomegali, bradikardi, venriküler ve/veya septal hipertrofi (kardiyomiyopati dahil)İzole vakalarda: Tromboz, emboli, iskemi, infrakt, senkop, perikardit, vasküler hastalıkSinir SistemiSık: Tremor, baş ağrısı, uykusuzluk, persepsiyon bozukluğu, görme bozukluğu,Seyrek: Depresyon, nöropati, sinirlilik, anksiyete, hipertoni, koordinasyon bozukluğu, emosyonel labilite, amnezi, ensefalopati Nadir: Migren, konfüzyon, sersemlik, reflekslerde azalma, somnolans, halisünasyonlar, rüya ve düşünce bozuklukları, ajitasyon, Psikoz, glokom, (çınlama, sağırlık gibi,) kulak rahatsızlıkları, fotofobi,İzole vakalarda: Paralizi, koma, konvülziyon, stupor, (afazi, dizatri gibi) konuşma bozuklukları, retinopati, kortikal körlük, tat duyusunun kaybı BöbreklerSık: Böbrek fonksiyonlarında anormallik, 8kreatinin ve BUN artması gibi)Seyrek: Böbrek dokusunda lezyon Nadir: Diyalize kadar gidebilen böbrek yetmezliği ,proteinüri,hematüri,hidronetrozİzole vakalarda: HUS,glomerülopati Gastro-intestinal sistem/KaraciğerSık: Kabızlık,ishal,bulantıSeyrek: Kolanjit,kusma, karaciğer, fonksiyon testlerinde anormalik,sarılık, kilo ve iştahta değişiklik, (ülser gibi) enflamatuvar bozukluklar,Gi kanal disfonksiyonu Nadir: Karaciğerdokusunda lezyon ,hematemez,ileus,ascites, disfajiİzole vakalarda: Pankreatit,hepatemegali,karaciğer yetmezliği, safra kanalı anomalileriMetabolizma ve elektrolitlerSık: Hiperkalemi,hiperglisemi,hipafosfatemiSeyrek: Diabetes Mellitus, asit-baz dengesi bozuklukları,hipervolemi,amilazda artış,(gut dahil) hiperürisemiNadir: Kan magnezyum, kalsiyum, protein ve sodyum kansantrasyonlarında azalma , kalsiyum, fosfat konsantrasyonlarında artma, dehidrasyon, hiperlipidemi, hiperglisemiİzole vakalarad: Hipermagnezemi, kreatinin fosfokinazda artışKas-iskelet sistemiSeyrek: KramplarNadir: Osteoporozİzole vakalarda: Miyasteni, avasküler kemik nekrozu, artrit,myopatiSolunum sistemiSeyrek: Akciğer fonksiyonlarda bozukluk, atelektaziNadir: Astım İzole vakalarad: Solunum yetmezliği, pulmoner fibrozCiltSeyrek: Alopesi, pruritus, terleme ,döküntü,ışığa duyarlılık Nadir: Jinekomasti,hirsutizm,ürtikerİzole vakalarda: Eritem,(örn. eritema nodosum)Hematolojik/Lenfatik SistemSık: Lökositoz Seyrek: Lökopeni, anemiNadir: Trombositopeni, splenomegali, eozinofili, trombositemiİzole vakalarda: Pıhtılaşma bozuklukları, (pansitopeni dahil) kemik iliği baskılanması , trombotik trombositopenik purpura DiğerSeyrek: Farklı organ ve sistemlerde ödem (MSS,solunum,kardiyovasküler),lokolize ağrı (örn. artraliji,nevraliji,karın ve gögüs ağrısı),asteni, ateşİzole vakalarda: İnkontinans ,prostat,da bozukluk , tiroid ve paratiroid bozukluğuMaligniteİmmünsupresif tedavi sırasında malignitelerin oluştuğu bilinmektedir. Çok ender olarak, trakrolimus tedavisi uygulanan kişilerde (lenfatik ve myeloid sistem,epitel ve mezenkim dokusunda) malign ve benign tümörler gözlendiği bildirilmiştir. Otoimmün hastalıklar Çok ender olarak vaskülit, Lyell Sendromu, Stevens-Jahnson Sendromu gibi otoimmün süreçler bildirilmiştir. Alerjik reaksiyonlarTekrolimus tedavisi uygulanan kişilerde çok nadir olarak alerjik ve anaflaktoid reaksiyonlar gözlenmiştir.EnfeksiyonlarDiğer immünsupresif ilaçlarda olduğu gibi ,takrolimüs kullanımı sırasında da bakteriyel, fungal ve protozoal infeksiyonlarda yatkınlık artar.Daha önceden mevcut olan enfeksiyonlar da alevlenebilir. Hem sepsis gibi yaygın hem de apse, pnömoni gibi lokalize enfeksiyonlar oluşabilir.