Prograf tedavisinin başlamasına ve uygulanan immünsupresif tedavide değişiklik yapılmasına sadece immünosupresif tedavi ve organ nakli uygulanmış hastaların tedavisinde uzmanlaşmış hekimler karar vermelidir. 

Kan basıncı, EKG, hastanın görme durumu, kan şekeri, potasyum ve diğer elektrolit konsantrasyonları, kreatinin, BUN, tam kan, pıhtılaşma parametreleri ve karaciğer fonksiyon testleri her hastada düzenli olarak izlenmelidir. Bu ölçümlerde klinik olarak anlamlı değişiklikler gözlenirse, takrolimus dozu gözden geçirilmelidir. Sık aralıklarla böbrek fonksiyon testleri uygulanmalıdır. Özellikle transplantasyon sonrası ilk günlerde idrar çıkışının takip edilmesi gerekir. Gerekirse doz ayarlanmalıdır. Prograf tedavisi uygulanan kişilerde farklı nörolojik bozukluklar ve merkezi sinir sistemi bozuklukları bildirilmiştir. Takrolimus kullanımı ile, özellikle sabit kan konsantrasyonları önerilenden daha yüksek olan çocuklarda ventriküler hipertrofi, septal hipertrofi ve kardiyomiyopati bildirilmiştir. Bunlar ilacın dozunun azaltılması veya ilaç kullanımının kesilmesi ile geri dönüşümlü olan bozukluklardır. Önceden mevcut kalp hastalığı, kortikosteroid kullanımı, hipertansiyon, karaciğer veya böbrek yetmezliği, enfeksiyonlar, sıvı yüklenmesi ve ödem bu tabloya yol açan etkenlerdir. 

Diğer güçlü immünsupresif bileşiklerde olduğu gibi, Prograf uygulanan hastalarda da Ebstein-Barr Virüsü(EBV) ile ilişkili lenfoproliferatif bozukluklar gelişebildiği bildirilmiştir. Prograf tedavisine geçilen hastalarda beraberinde anti-lenfosit tedavi uygulanmamalıdır. Malignite gelişme riski nedeniyle, güneş altında uzun süreler geçiren veya başka bir şekilde ultraviyole ışınlarına maruz kalan hastalar koruyucu bir güneş kremi kullanmalıdır.

Prograf, siklosporin ile birlikte uygulanmamalıdır.

Bazı bulgular, böbrek ve karaciğer yetmezliği olan hastalarda daha düşük dozların kullanılmasının gerektiğini göstermektedir.