Düşük dozda ve kısa süre kullanıldığında periferik nöropati ve konvülsif nöbetler enderdir. Yüksek dozda ve uzun süre kullanan hastalar dikkatle izlenmelidir. Anormal nörolojik belirtiler görülmesi halinde yarar-zarar değerlendirilmesine göre tedavinin kesilmesi veya devamına karar verilmelidir. Merkezi sinir sistemi hastalığı olanlara metronidazol ihtiyatla verilmelidir. Metronidazolle tedavi sırasında bilinen veya teşhis edilmemiş kandidiyaz vakaları daha belirgin hale geldiğinden, antifungal bir ilaçla tedavi gerekebilir. Nidazol bir nitroimidazol olduğu için, halen veya geçmişte bir kan bozukluğu olan hastalara verilirken dikkatli olunmalıdır. Tedavi sırasında hafif lökopeni görüldüğü bildirilmiştir, ancak ilaca atfedilen kalıcı bir hematolojik anormallik gözlenmemiştir. Gastrointestinal sistemle ilgili istenmeyen reaksiyonlar eğer tedavi sırasında kaybolmaz, devamlılık gösterir ya da tahammül edilemez olur ise hekim tarafından hastanın ve hastalığın özel durumuna göre değerlendirme yapılarak tedavinin devamına ya da kesilmesine karar verilir. Gastrointestinal yan etkiler görülmesi halinde ya da tedavinin başlangıcından itibaren gastrointestinal yan etkileri en aza indirmek için ilaç yemeklerle veya muhtelif gıdalarla birlikte alınmalıdır. Trikomoniyaz tedavisinde enfeksiyonun nüksünü önlemek için eşlerin herbirinin metronidazol ile aynı zamanda tedavi edilmeleri ve prezervatifsiz cinsel temastan kaçınmaları önerilir. Metronidazol plasentayı geçip hızla fetal dolaşıma girer. Hamile kadınlarda yapılmış çalışmalar olmadığından, gerekmedikçe hamilelerde kesinlikle kullanılmamalıdır. Sütle, plazmadakine benzer konsantrasyonlarda salgılanır ve burada yarı-ömrü 9-10 saattir. Emziren annelerde emniyeti kesinleşmemiştir. Bu nedenle emziren anneler bu ilacı aldıkları süre ve ilacın kesilmesini izleyen 24-48 saat boyunca emzirmeyi kesmelidirler. Yenidoğanların metronidazolü eliminasyon kapasiteleri düşüktür. Ağır karaciğer hastalığı olanlarda metronidazolün metabolizması yavaşladığından metronidazol ve metabolitlerivücutta birikebilir. Tavsiye edilen mutad dozların altında dozlamaya gidilmeli ve hasta yakından izlenmelidir. Metronidazolün biriken metabolitleri diyalizle süratle uzaklaştırılabildiğinden anürik hastalarda metronidazol dozunun özellikle azaltılmaması önerilir.
