Klorokin, plazma prazikuantel miktarını azaltır. Bu iki ilacın birlikte kullanılmasında dikkatli olunmalıdır. Oral klorokin alınmasını takiben serum siklosporin düzeyinde ani bir artış bildirilmiştir. Bu nedenle siklosporin serum düzeyinin yakından takibi ve gerekirse klorokinin kesilmesi önerilmektedir. Klorokin ve hidroksiklorokinin, miyastenia gravis semptomlarını artırma potansiyeli bulunmaktadır, bu nedenle neostigmin ve pridostigminin etkilerini azaltabilir. Klorokin ve hidroksiklorokin, digoksin plazma konsantrasyonunu artırır. Klorokinin meflokin ile birlikte kullanılması konvülsiyon riskini artırabilir. Simetidin, klorokinin metabolizmasını inhibe ederek plazma düzeyini artırır. Dolayısıyla simetidin ile klorokinin birlikte uygulanmasından kaçınılmalıdır. Klorokin ve hidroksiklorokinin amiodaron ile birlikte kullanımı ventriküler aritmi, bradikardi ve kalp iletimi defekti gibi kalp aritmi riskini artırabilir. Birlikte kullanımları kontrendikedir. Anti-asitler ve kaolin, klorokinin emilimini azaltabilir; bu ajanlar ile klorokin alımı arasında en az 4 saat süreli bir ara olmalıdır. Sağlıklı kişilerde klorokin, ampisilinin biyoyararlanımını anlamlı şekilde azalttığından, bu iki ilacın uygulanması arasında en az 2 saat olmalıdır. Klorokin ve klorokinin ana metaboliti olan desetilklorokinin kan konsantrasyonları antikor titreleri ile negatif olarak ilişkilidir. Malarya profilaksisi için tavsiye edilen dozda alınan klorokin, diploid hücreli kuduz aşısı ile yapılan primer immünizasyona karşı olan antikor cevabını azaltabilir.
