Önerilen dozlarda verilmesiyle düşük düzeyde bir lökopeni beklenilmelidir. Lökopeni genellikle geçici olup, en düşük değere 10 günde erişilir ve çoğunlukla 21. günde normale döner. Trombositopeni oluşabilir, anemi ise daha nadirdir. Zayıf ya da önceden yoğun kemoterapi almış hastalarda kemik iliği depresyonu daha şiddetli ve uzun süreli olabilir. İlerlemiş meme kanseri ve lenfomalarda, mitoksantronun 21 günde bir enjekte edilmesiyle en sık ortaya çıkan yan etkiler bulantı ve kusmadır. Diğer bir yan etkisi alopesi olup, genellikle hafif seyreder ve tedavinin kesilmesiyle birlikte düzelir. Daha nadir bildirilen yan etkilerse amenore, iştahsızlık, kabızlık, ishal, dispne, yorgunluk hali, ateş, gastrointestinal kanama, stomatit/mukozit gibi durumlardır. Zaman zaman klinik önemi olan kardiyovasküler yan etkiler sol ventrikül ejeksiyon fraksiyonunda azalma, EKG değişiklikleri, akut aritmiler oluşabilir. Keza dijital ve/veya diüretik tedavisine iyi yanıt veren konjestif kalp yetmezliği gelişebilir.
