Pegasys ile en sık bildirilen istenmeyen etkiler hafif-orta şiddettedir ve dozaj değişikliği veya tedavinin kesilmesine gerek kalmadan tedaviye devam edilir. Grip benzeri semptomlar, gastrointestinal, kardiyovasküler, üriner, hematopoetik, solunum, sinir sistemi, deri ve mukozalarda istenmeyen etkiler oluşabilir.