Uygulama kurallarına uyularak vücut boşukları ve dokuların irigasyonuna bağlı yan etkileri önlemek mümkündür. Kapalı vücut boşluklarının irigasyonu sırasında aşırı miktarda irigasyon solüsyonunun kullanılması distansiyona neden olabilir. Aseptik kurallara uyulmaması enfeksiyona yol açabilir.

İrigasyon solüsyonu uygulaması sırasında, yan etkiler, sıvı ya da elektrolit yüklenmesi belirtileri ortaya çıkarsa, irigasyon kesilmeli ve hasta yakından takip edilerek gerekiyorsa uygun tedaviye başlanmalıdır.