Protozoal enfeksiyonların (trikomoniyaz, giyardiyaz, amebiyaz ve balantidiyaz) tedavisinde, anaerob bakteriyel enfeksiyonların profilaksisi ve tedavisinde kullanılır. Ayrıca bakteriyel vaginosis (nonspesifik vaginit), akut nekrozitan ülseratif gingivit (Vincent enfeksiyonu), periodontit ve psödomembranöz kolitler gibi spesifik bakteriyel enfeksiyonlarda da kullanılır. Amebiyazda (akut intestinal amebiyaz-amipli dizanteri ve amebik karaciğer absesi) ve bütün Entamoeba histolytica enfeksiyonlarında amebisit etki gösterir. Ancak amebik karaciğer absesinin metronidazol ile tedavisi, iltihabın drenaja ya da aspirasyona olan ihtiyacını ortadan kaldırmaz. Anaerob bakterilerin (Bacteroides, Clostridium, Peptococcus ve Streptococcus türleri gibi) neden olduğu durumlarda da endikedir: İntraabdominal enfeksiyonlar: Peritonit, intraabdominal abse, karaciğer absesi. Jinekolojik enfeksiyonlar: Endometrit, endomiyometrit, tuboovaryan abse ve cerrahi girişim sonrası vaginal enfeksiyonlar. Kemik ve eklem enfeksiyonları (Yardımcı tedavi olarak). Merkezi sinir sistemi enfeksiyonları: Menenjit ve beyin absesi. Alt solunum yolu enfeksiyonları: Pnömoni, amfizem ve akciğer absesi, endokardit ve bakteriyel septisemi. Cilt ve cilt yapısı enfeksiyonları. Diğer enfeksiyonlar: Hepatik ensefalopati, Crohn hastalığı, antibiyotiğe bağlı psödomembranöz kolit.