Naratriptan sadece açık olarak migren tanısı konulmuşsa kullanılmalıdır. Naratriptan hemiplejik, baziler veya oftalmoplejik migren tedavilerinde endike değildir. Diğer akut migren tedavilerinde olduğu gibi, önceden migren tanısı konulmamış hastalardaki başağrılarını tedavi etmeye başlamadan önce ve atipik semptomları olan migrenlilerde diğer potansiyel ciddi nörolojik durumları olabileceği ihtimalini ortadan kaldırmak için gerekli araştırma yapılmalıdır. Migrenlilerin serebrovasküler atak, geçici iskemik ataklar açısından risk altında olabilecekleri unutulmamalıdır. Diğer 5-hidroksitriptamin-1 (5-HT1) reseptör agonistlerinde olduğu gibi, naratriptan tanısı konulmamış kalp hastalığı bulunma ihtimali olan hastalara altta yatan kardiyovasküler hastalığı olup olmadığı önceden incelenmeden verilmemelidir. Bu hastalar postmenopozdaki kadınları, 40 yaş üzeri erkekleri ve koroner arter hastalığı riski taşıyanları içerir. Eğer iskemik kalp hastalığına uyan semptomlar mevcut ise uygun inceleme ve değerlendirmeler yapılmalıdır. Naratriptanın ergotamin, ergotamin türevleri (metiserjid dahil) ve sumatriptan ile birlikte uygulanması önerilmemektedir. Fakat, naratriptanın ergotamin, dihidroergotamin veya sumatriptan ile birlikte uygulanması kan basıncı, kalp hızı veya EKG üzerine klinikle ilgili etkilere yol açmamıştır veya naratriptana maruz kalmayı etkilememiştir. Naratriptan sülfonamid grubu içermektedir, bu nedenle sülfonamidlere aşırı duyarlılığı bilinen hastalarda teorik olarak aşırı duyarlılık reaksiyonları gelişme riski vardır. Önerilen naratriptan dozu aşılmamalıdır.

Gebelik ve emzirme döneminde kullanımı: Gebelik kategorisi C. Naratriptanın gebe kadınlarda güvenli kullanımı belirlenmemiştir. Gebelikte kullanımı ancak anneye sağlaması beklenen yararları fetüse olan muhtemel riskinden büyük ise düşünülmelidir. Naratriptanın emziren annelere uygulanmasında dikkatli olunmalıdır.

 Araç ve makine kullanma üzerinde etkisi: Migren sonucu uyuşukluk olabileceğinden özel beceri gerektiren durumlarda (ör: taşıt aracı veya makine kullanımı) dikkatli olunmalıdır.